Um die Biju-Geister zu schützen, werden die Jinchuriki Naruto und Killer B auf die geheime Insel Shimagame geschickt, wo sie vor Akatsukis Angriffen sicher sind. Naruto wird von Yamato, Guy und Aoba begleitet und auf eine geheime Mission der Klasse S geschickt, um seine Teilnahme am vierten Ninjaweltkrieg zu verhindern. Die Reise ist jedoch schwierig, da sie viele Meilen durch unbekanntes und feindliches Terrain zur See zurücklegen müssen.