Zum Schutz der Biju-Geister werden die letzten beiden Jinchuriki, Naruto und Killer B, auf die geheime Insel Shimagame geschickt, wo sie vor den Angriffen Akatsukis sicher sind. Naruto wird zusammen mit Yamato, Guy und Aoba auf eine geheime Mission der Klasse S geschickt, um zu verhindern, dass er am vierten Ninjaweltkrieg teilnimmt. Die Reise ist jedoch schwierig, da viele Meilen Seeweg in unbekanntem und feindlichem Terrain vor ihnen liegen.