Zum Schutz der Biju-Geister werden Naruto und Killer B auf die geheime Insel Shimagame geschickt, um sie vor den Angriffen Akatsukis zu schützen. Naruto wird dabei von Yamato, Guy und Aoba begleitet und auf eine geheime Mission der Klasse S geschickt, um zu verhindern, dass er am vierten Ninjaweltkrieg teilnimmt. Die Reise gestaltet sich jedoch als schwierig, da viele Meilen Seeweg durch unbekanntes und feindliches Terrain vor ihnen liegen.