Um die letzten beiden Jinchuriki, Naruto und Killer B, vor den Angriffen der Akatsuki zu schützen, werden sie auf die geheime Insel Shimagame gebracht. Naruto wird zusammen mit Yamato, Guy und Aoba auf eine geheime Mission der Klasse S geschickt, um seine Teilnahme am vierten Ninjaweltkrieg zu verhindern. Die Reise ist jedoch schwierig, da sie viele Meilen durch unbekanntes und feindliches Terrain zur See zurücklegen müssen.