Im Vierten Shinobi-Weltkrieg kämpfen Naruto und Bee an vorderster Front, während Shizune und Sakura ihre medizinischen Fähigkeiten einsetzen. Gaara muss gegen seinen eigenen Vater antreten. Naruto und Bee begegnen Sasukes verstorbenem Bruder Itachi und ihrem alten Feind Nagato. Itachi gelingt es, sich durch ein starkes Genjutsu von den Edo Tensei-Fesseln zu befreien, und er nimmt sich vor, den Anwender Kabuto zu finden und zu besiegen.