Zum Schutz der Biju-Geister werden Naruto und Killer B auf die geheime Insel Shimagame geschickt, um sie vor den Angriffen Akatsukis zu schützen. Naruto wird zusammen mit Yamato, Guy und Aoba auf eine geheime Mission der Klasse S geschickt, um seine Teilnahme am vierten Ninjaweltkrieg zu verhindern. Die Reise ist jedoch schwierig, da sie viele Meilen durch unbekanntes und feindliches Terrain zur See zurücklegen müssen.