Nya identifiziert das Virus als Überbleibsel aus dem Kampf von Zane gegen das digitale Ultraböse. Um ihn zu besiegen müssen sich die Ninja noch einmal ihre größten Kämpfe in Erinnerung rufen. Doch auch das Ultraböse weiß über die Schwächen und Niederlagen unserer Helden Bescheid. Am Ende besinnen sich die Ninja auf ihre größte Stärke. Keine Waffen oder Fahrzeuge, sondern ihre Freundschaft.