Unsere Helden wollen gerade Mittag essen, als Sanpei und sein Quajutsu die Freunde überraschen. Ihr alter Freund lädt sie ein, mit nach Ninja Dorf zu kommen. Dort angekommen, lernen sie Sanpeis Brüder, den Meister des Dorfes, Hanzo, und seine Assistentin Shinobu kennen. Doch auch Team Rocket kriegt Wind davon, wo sich unsere Helden gerde herumtreiben und schmieden mal wieder einen Plan, um die Pokémon in Ninja Dorf zufagen.