Die Ninja haben das Ultraböse besiegt und Lord Garmadon ist als Sensei Garmadon zurückgekehrt.
In Ninjago treffen die Ninja auf den Goldenen Meister, der unbesiegbar erscheint. Sie versuchen ihn mithilfe einer "Mini-Pille" zu schrumpfen. Wird es ihnen gelingen, das Ultraböse aufzuhalten?
General Cryptor versucht, die Goldenen Waffen zu ergattern. Die Ninja tun alles, um das zu verhindern. Doch zunächst müssen sie die gruseligen Weltraum-Käfer aus dem Weg schaffen.
Die Ninja und die Sensei überlegen, was es mit dem Projekt Arcturus auf sich hat. Kai verfolgt Pythor, um der Sache nachzugehen...
Cyrus Borg versucht, mit Pixal das Computerprogramm vom Ultra Bösen zu beeinflussen. Er schickt die vier Ninja in das Computerprogramm, um das Ultra Böse zu besiegen.
Die vier Ninja machen sich auf den Weg nach Ninjago und stellen fest, dass die Schlangen ein neues Leben unterhalb der Stadt begonnen haben.
Die Ninja werden von Nindroiden und einem geheimnisvollen Fremden angegriffen, der mit dem Ultra Bösen zusammenarbeitet.
Die Ninjas planen, Ninjago den Strom abzustellen. Doch das ist leichter gesagt als getan, denn zunächst müssen sie gegen zahlreiche Nindroiden kämpfen. Währenddessen halten sich Sensei Garmadon und Lloyd versteckt.
Die Ninja führen ein ruhiges und friedliches Leben, da es offenbar keine Bösewichte mehr gibt. In Senseis Schule unterrichten sie ihre Schüler, bis sich herausstellt, dass das Ultraböse noch nicht besiegt ist.
