Nya ist die Meisterin des Wassers. Als ihre Kräfte plötzlich verrückt spielen, machen sich die Ninja auf eine Reise in die Tiefen des Meeres.
Als die Ninja erfahren, dass Meister Wu, Misako und Kevin auf einer Expedition zu einer unbekannten Insel verschwunden sind, starten sie eine Rettungsmission. Dafür nehmen sie Tingeli Tim in ihr Team auf.
Die Ninja werden von mystischen Steinstatuen angegriffen! Lloyd gelingt es zu entkommen, aber die anderen Ninja werden von einer Gruppe von Inselbewohnern gefangen genommen: Den Hütern des Amuletts.
Nya, Zane, Kai und Cole wurden vom Stamm der Inselbewohner festgenommen und treffen in der Gefangenschaft auf Misako, Meister Wu und Kevin Kiesel. Jay wurde derweil vom Häuptling an einen unbekannten Ort gebracht.
Die Ninja müssen mitansehen, wie Jay vom Inselvolk verschenkt werden soll, um den wiedererwachten Sturmgeist Wojira zu besänftigen. Ehe sie ihrem Freund zur Hilfe eilen können, hat ihn offenbar das gigantische Monster verschluckt.
Nya will die Ganovin Miss Achtung und ihre Handlanger mit einem Wasserzyklon aufhalten. Doch sie muss feststellen, dass sie die Kontrolle über ihre Elementarkraft verloren hat. Nun drohen die Wassermassen ein Dorf zu überfluten.
Zane und Pixal sind draußen auf dem Meer in einer gefahrvollen Mission unterwegs. Sie wollen Seeleute retten, die von einem wildgewordenen Oktopus bedroht werden. Bei der Aktion erleben sie Merkwürdiges.
Ein Teil der Ninja begibt sich an Bord der des Wasserseglers. Die Freunde wollen herausfinden, was es mit dem mysteriösen Energiesignal auf sich hat, das offenbar vom Meeresgrund kommt und Nyas Kräfte durcheinanderbringt.
Die Ninja grübeln, wie sie der Situation entkommen können. Die wahrscheinlich einzige Chance, das U-Boot flott zu bekommen: Sie müssen das geheimnisvolle Energiesignal anzapfen. Denn so könnten sie die Schiffsbatterie wieder aufladen.
Nya und Maya werden von Prinz Kalmaar im Unterwassertempel gefangen gehalten, wo sie nach dem geheimnisvollen Energiesignal suchen wollten. Kalmaar will ihnen entlocken, wie er an das zweite Sturm-Amulett gelangen kann.
Zurück an Bord des Wasserseglers müssen die Ninja allerdings feststellen, dass sich ihre Verfolger nicht abschütteln lassen. Die Freunde werden nach Merlopia gebracht, um sich vor König Trimaar für zu verantworten.
Dank ihrer Tauchgeräte haben die Ninja die Überflutung des Palasts überlebt, werden aber von den gefährlichen Haien verfolgt. In allerletzter Sekunde können sie sich retten. Wie sich herausstellt, dank der Hilfe von Benthomaar.
In einer Rückblende wird die tragische Geschichte von Benthomaar erzählt, dem neuen Freund der Ninja: Seine Erinnerung setzt erst ein, als er einst als Findelkind von König Trimaar gefunden wird.
Die Ninja sind auf dem Weg zurück zur Insel der Hüter. Sie wollen König Kalmaar zuvorkommen, der inzwischen vom Versteck des Sturm-Amuletts erfahren hat. Doch das ist eine Fälschung!
Meister Wu, Kai, Ray, Cole und Misako hat Nyas Warnung erreicht, dass König Kalmaar auf dem Weg zum Club der Entdecker ist. Die Freunde eilen sofort dorthin, um dem Bösewicht zuvor zu kommen.
Die ahnungslosen Zeitungsausträger Antonia und Nelson kommen durch Zufall in den Besitz des Sturm-Amuletts. Aber Kalmaar bleibt den zweien dicht auf den Fersen.
Auf dem Wassersegler erzählt Benthomaar Nya und den anderen Ninja die Geschichte von Nyad. Diese hatte vor langer Zeit Wojira besänftigt, indem sie sich mit dem Meer verbündet und der Schlange die beiden Amulette abgenommen hatte.
Kalmaar hat mit einem Trick das echte Sturm-Amulett an sich gebracht und damit den schlangenhaften Sturmgeist Wojira aufgeweckt.
Kalmaar ist mit Wojira in Ninjago angekommen und schickt eine riesige Flutwelle mitten durch die Stadt. Alle Straßen und Häuser stehen unter Wasser. Viele Bewohner haben sich schon außerhalb von Ninjago in Sicherheit gebracht.
In Ninjago versucht Nya, König Kalmaar und Wojira zu besiegen. Doch die Ninja müssen schnell einsehen, dass sie gegen den mächtigen Bösewicht und die Riesenschlange nichts ausrichten können.
Die in ein übernatürliches Meereswesen verwandelte Nya liefert sich eine heftige Auseinandersetzung mit Kalmaar und Wojira. Die Ninja versuchen, ihrer Freundin dabei zu helfen, den Schurken und das Ungeheuer zu bezwingen.
