Jaden Yuki möchte unbedingt an der von Seto Kaiba gegründeten Duellakademie aufgenommen werden! Hier wird den Schülern das Spielen des Kartenspiels "Duel Monsters" beigebracht.
Jaden erreicht die Duellakedemie in letzter Minute, nachdem er Yugi Muto getroffen und die Karte "Geflügelte Kuriboh" erhalten hat. Dr. Crowler, der Dekan, tritt persönlich gegen ihn an, um ihn durch die Prüfung fallen zu lassen.
Jaden und Syrus leben im Slifer Red mit einem clownähnlichen Mitbewohner. Chazz fordert Jaden zu einem illegalen Duell heraus, das jedoch von der Akademie-Security gestoppt wird, bevor es zu Ende geführt werden kann.
Dr. Crowler versucht, Jaden mit einem gefälschten Liebesbrief auf den Mädchencampus zu locken, um ihn wegen Regelverstoßes auszuschließen. Syrus glaubt, Alexis sei interessiert. Jaden und Alexis duellieren sich, wobei Jaden gewinnt.
Dr. Crowler beansprucht seltene Karten für Chazz, der gegen Jaden antritt. Jaden gewinnt das Duell und erhält die Möglichkeit, zu Ra Yellow aufzusteigen, entscheidet sich jedoch, im Slifer Red Haus bei seinem Freund zu bleiben.
Jaden, Syrus und Chumley stoßen auf eine verbotene Unterkunft, die angeblich Studenten verschluckt hat. Dr. Crowler engagiert einen Schattenduellanten, der Alexis entführt und Jaden zu einem Duell zwingt, bei dem seine Seele in Gefahr ist.
Jaden entlarvt den Schattenduellanten als Gaukler und das Schattenreich als Illusion. Unerwartet zieht eine unbekannte Macht sie ins echte Schattenreich. Der Schattenduellant wird von dieser Macht ergriffen und kämpft das Duell zu Ende.
Jaden und Syrus stehen vor einem entscheidenden Doppelduell gegen zwei von Dr. Crowler ausgewählte Gegner. Bei einer Niederlage droht ihnen der Schulverweis. Jaden kämpft mit einer Blockade durch ein Erlebnis mit seinem Bruder.
Jaden fordert Zane zu einem Duell, nachdem er erfahren hat, dass er für Syrus' Komplexe verantwortlich ist. Nach einem harten Kampf verliert er zwar, aber Syrus kann neues Selbstvertrauen schöpfen.
Chumleys Vater plant, ihn aufgrund schlechter Leistungen von der Duellakademie nach Hause zu holen, gibt ihm jedoch die Chance, durch ein Duell zu bleiben. Trotz eines harten Kampfes verliert Chumley das Duell gegen seinen Vater.
Das bevorstehende Duell fordert Jaden und Syrus heraus, als sie gegen die erfahrenen Brüder Para und Dox antreten. Trotz ihrer Anstrengungen verlieren sie viele Lebenspunkte und stehen vor einer schwierigen Herausforderung.
Trotz der scheinbar aussichtslosen Lage im Duell gegen die Gebrüder Paradox triumphieren Jaden und Syrus dank ihrer strategischen Spielweise. Nach dem Sieg müssen sie jedoch einen zehn Seiten langen Aufsatz über ihre Erfahrungen schreiben.
Chazz duelliert sich mit Bastion, der durch strategische Vorbereitung siegt. Trotz eines Angebots für Obelisk Blue bleibt Bastion bei seiner Meinung, dass Jaden der beste Duellant ist. Beide planen ein zukünftiges Duell gegeneinander.
Chazz verlässt nach einer Niederlage gegen Bastion die Akademie. Kinder suchen ihn und begegnen Wheeler, einem entflohenen Affen, der Jasmin entführt hat. Jaden tritt gegen Wheeler an und gewinnt das Duell, um Jasmin zu retten.
Drei leichtsinnige Studenten beschwören den Geist Jinzo, der wieder zum Leben erwachen will. Um die Studenten zu retten, fordert Jaden den Geist zu einem Duell heraus. Nach einem hartem Kampf kann er den Geist schließlich besiegen.
Jaden wird von Tennisprofi Harrington zu einem Duell um Alexis herausgefordert. Obwohl Jaden gewinnt, bleibt er nur ein guter Freund von Alexis und kann sie nicht heiraten.
Ein unbekannter Duell-Gigant fordert nachts Studenten der Duellakademie heraus und setzt ihre besten Karten als Einsatz. Dr. Crowler schickt Jaden, um die verbotenen Duelle zu stoppen und den Giganten zu entlarven.
Damon lebt seit über einem Jahr in der Wildnis, um das perfekte Ziehen der Karten zu lernen. Jaden fordert ihn zu einem Duell heraus, das Damon verliert. Nach seiner Niederlage kehrt Damon als Student an die Akademie zurück.
Dimitri, bekannt als der Kopierer, hat das legendäre Deck von Yugi Muto gestohlen und stellt sich damit gegen Jaden. Er will herausfinden, ob er sich mit den Karten seines Idols Yugi messen kann. Der Ausgang des Duells bleibt spannend.
Mittlerweile hält sich Dimitri wirklich für Yugi Muto und kämpft ein hartes Duell gegen Jaden. Jaden kann ihn trotzdem bezwingen und Yugis' Karten können wieder in den Ausstellungsraum zurück gebracht werden.
Blair schleicht sich als Junge verkleidet in die Duellakademie, um ihrem Idol Zane nahe zu sein, wird aber von Jaden entdeckt. Nach einem verlorenen Duell gegen Jaden muss sie nach Hause zurückkehren, hat jedoch eine neue Liebe gefunden.
Jaden und Bastion treten in einem Duell gegeneinander an, um den besten Studenten zu ermitteln. Bastion gelingt es, Jadens Zauberkarte "Fusion" zu neutralisieren, was Jaden daran hindert, seine Monster zu fusionieren und ihn schwächt.
Nachdem Bastion Jadens Fusionskarte außer Kraft gesetzt hat, muss Jaden eine neue Strategie entwickeln. Trotz des Handicaps besiegt er Bastion und wird als Vertreter seiner Akademie für das große Duell der Schulen nominiert.
Dr. Crowler holt Belowski aus seinem unterirdischen Versteck, um Jaden in Duel Monsters zu besiegen. Belowskis Fähigkeit, Gegner und Zuschauer in Trance zu versetzen, hat keinen Einfluss auf Jaden, da das Duellieren sein größter Traum ist.
Chazz landet auf der Insel der Nord-Akademie und wird von einem mysteriösen Alten dazu gebracht, alle Karten zu sammeln, um die Akademie betreten zu können. Nach dem Sieg über 50 Duellanten stellt sich der Alte als Schulrektor heraus.
Chazz führt die Schüler der Nord-Akademie als Duellvertreter an und erhält von seinen Brüdern ein übermächtiges Kartendeck. Dieses Deck scheint Jaden's Untergang zu besiegeln, da es ihm im Duell große Schwierigkeiten bereitet.
Jaden triumphiert im Duell gegen Chazz, der daraufhin von seinen Brüdern verstoßen wird. Chazz empfindet die Niederlage dennoch als kleinen Sieg, da er mit seinen eigenen Karten und nicht den mächtigen seiner Brüder gespielt hat.
Jaden und seine Freunde geraten bei einem Ausflug zu alten Ruinen in Gefahr. Jaden findet sich nach einem Traum in einer anderen Zeit wieder und muss den obersten Grabhüter in einem Duell besiegen, um nicht lebendig begraben zu werden.
Jaden wird in einer aussichtslosen Situation durch die Feldzauberkarte Tal des Todes gerettet und gewinnt das Duell gegen den obersten Grabwächter. Er erhält ein mystisches Medaillon und kehrt mit seinen Freunden in die eigene Welt zurück.
Kanzler Sheppard beauftragt Jaden und sechs weitere Mitglieder der Duellakademie, die heiligen Bestien-Karten zu verteidigen. Jeder von ihnen erhält einen Schlüssel, den es in Duellen zu schützen gilt, um das Ende der Welt zu verhindern.
Im Duell zwischen Jaden und Nightshroud zieht Jaden die Feldzauberkarte "Wolkenkratzer" und besiegt seinen Gegner. Beide Duellanten brechen erschöpft zusammen. Alexis entdeckt, dass Nightshroud in Wirklichkeit ihr Bruder Atticus ist.
Der zweite Schattenreiter, Camula, fordert Dr. Crowler heraus, der das Duell und seine Seele verliert. Jaden und die verbleibenden Freunde beschließen, Camula erneut zu einem Duell herauszufordern, um die verlorene Seele zurückzugewinnen.
Jaden will Dr. Crowlers Seele zurückgewinnen, wird aber von Mitschülern aufgehalten, da er noch geschwächt ist. Zane tritt stattdessen gegen die Vampir-Lady an und spielt sofort seine mächtigsten Karten aus, um jedes Risiko zu vermeiden.
Jaden nimmt den Kampf gegen Camula auf, die ihn für einen leichten Gegner hält. Mit geheimen Karten und Strategien gelingt es ihm, die Vampir-Lady zu besiegen und die Seelen von Dr. Crowler und Zane zu befreien.
Jaden und seine Freunde entspannen sich am Pool, als sie plötzlich in eine Geisterwelt entführt werden, die Jaden aus einem Albtraum kennt. Kaibaman fordert Jaden zu einem Duell heraus, was ihm Angst macht, zu verlieren.
Kanzler Sheppard teilt den Duellanten mit, dass die Duellakademie von einem Fremden gekauft wurde, der sie schließen möchte. Die Studenten haben eine letzte Chance, die Akademie zu retten, indem sie ein Entscheidungsspiel gewinnen.
Jaden und seine Freunde stoßen im Wald auf eine Kampfarena unter Tanias Führung. Tania fordert Bastion heraus und lenkt ihn mit Gesprächen über Liebe ab. Anfangs widersteht Bastion, doch schließlich gerät er in ihren Bann.
Jaden versucht, Bastion zu ermutigen, Tania zu einer Revanche herauszufordern. Nachts schleichen sich alle in die Arena und treffen auf Tania. Sie will jedoch nur gegen Jaden antreten, was den verliebten Bastion kränkt.
Ein Admiral, der fälschlicherweise für einen Schattenreiter gehalten wird, fordert Jaden auf einem U-Boot zum Duell heraus. Er sucht starke Gegner für seine Meeres-Monster. Trotz Jadens souveränem Sieg darf er das U-Boot nicht verlassen.
Don Zaloog erscheint in der Duellakademie und empfiehlt den Schlüsselwächtern, ihre Geisterschlüssel sicher zu verstecken. Am nächsten Tag sind alle Schlüssel verschwunden, und die Studenten suchen gemeinsam nach dem Dieb.
Ein Pharao namens Abidos erscheint an der Duell-Akademie. Jaden und seine Freunde kennen ihn aus dem Geschichtsunterricht. Trotz seines Rufes beeindruckt er Jaden nicht mit seinen Fähigkeiten und seinem Anfängerdeck.
Jaden und seine Freunde sind besorgt, als Alexis verschwindet. Titan fordert sie zu einem Duell heraus, bei dem sie im Falle einer Niederlage den Geisterschlüssel übergeben muss. Dr. Crowler befürchtet das Schlimmste.
An der Akademie wird der Duel Monster Geistertag mit einem großen Fest gefeiert, dessen Höhepunkt ein Kostüm Duell ist. Jaden tritt gegen das geheimnisvolle Schwarze Magiermädchen an, das für eine verkleidete Studentin gehalten wird.
Pierre, ein ehemaliger Klassenkamerad von Alexis, erscheint in der Akademie und fordert sie heraus. Trotz seiner früheren Erfolge bei Spielen scheitert er an Alexis, die seine Bluffversuche durchschaut und ihn im Duell besiegt.
Jaden und seine Freunde machen sich auf die Suche nach Professor Banner. Aber anstatt den Professor, begegnen sie dem Siebten Schatten-Reiter. Der Schatten-Reiter ist noch gefährlicher, als Jaden gedacht hatte.
Jaden steht vor einem alles entscheidenden Duell gegen Amnael, den Siebten Schatten-Reiter. Der Ausgang dieses Kampfes hat weitreichende Folgen für Jaden und seine Freunde. Ihr Schicksal hängt von diesem Duell ab.
Jaden wird klar, dass der Siebte Schatten-Reiter in Wahrheit der vermisste Professor Banner ist. Wenn er den Professor besiegen will, muss Jaden sich noch weiter steigern.
Chazz möchte durch ein Duell seine Gefühle für Alexis offenbaren, während Alexis eigene Absichten bezüglich Chazz hat. Ihre unterschiedlichen Pläne könnten zu unerwarteten Entwicklungen führen.
Der Schattenreiter-Anführer, Kagemaru, taucht in der Duellakademie auf um die heiligen Ungeheuer zu erwecken. Doch zuerst muss er Jaden in einem Duell besiegen und fordert ihn, um keine Zeit zu verlieren, gleich heraus.
Im Duell zwischen Kagemaru und Jaden geht es um mehr als nur den Sieg. Das Schicksal des Planeten und die Balance der Macht der Duel Monster hängen von ihrem Kampf ab, während beide aufs Ganze gehen.
Chumley erhält die Chance, in die Klasse für Industrie-Illusions-Design aufgenommen zu werden. Dafür muss er Dr. Crowler in einem Duell besiegen, um dessen Zustimmung zu erhalten.
Im entscheidenden Abschlussklassenduell tritt Jaden gegen Zane an, der ihn zuvor besiegt hatte. Jaden sieht dies als Gelegenheit, sich zu revanchieren und seine frühere Niederlage wettzumachen.
Im letzten Duell des Schuljahres liefern sich Zane und Jaden einen erbitterten Kampf. Das Duell wird endgültig zeigen, welcher Duellant der Beste an der Akademie ist.