"Beste Schwestern" begleitet die beiden ungleichen Geschwister Eva und Toni bei ihrem täglichen Kampf zwischen Familienstress und Geschwisterliebe.
Die Tierpflegerin Eva zieht ihre Tochter Marie allein groß. Das Chaos nimmt seinen Lauf, als sie erfährt, dass ihr Freund Philip sie ausgerechnet mit ihrer Schwester Toni betrogen hat, die nun auch noch bei Eva einziehen möchte.
Um dem attraktiven Tierarzt Dr. Seemann zu gefallen, erklärt sich Eva bereit, ein Papageienei zu hüten. Zu Hause bittet sie Toni, darauf aufzupassen. Es ist jedoch nur ein Test. Eva hat das wertvolle Ei gegen ein Hühnerei vertauscht.
Bei Eva und Toni gehen die Meinungen weit auseinander, was Sex und Liebe betrifft. Für Toni sind das zwei Paar Schuhe, für Eva geht das eine nicht ohne das andere. Doch beide Frauen müssen ihre Ansichten plötzlich überdenken.
Der Zoo will das Pinguingehege schließen. Eva muss unbedingt ihren Lieblingspinguin Berti retten. Da passt es gut, dass Toni mit ihrer Geschäftsidee eines eigenen Eiswagens gerade scheitert. Der eignetet sich als Fluchtfahrzeug.
Eva hat Tonis Geburtstag vergessen. Sie improvisiert schnell ein Geschenk und gibt Toni eine DVD von dem Super-8-Film, der laut Toni "der schönste Tag ihres Lebens" war: ihr vierter Geburtstag. Doch die Erinnerungen trügen.
Evas und Tonis Mutter Gabriele braucht eine neue Niere. Eva und Toni unternehmen alles Mögliche, um nicht als Spenderin infrage zu kommen. Evas Tochter Marie scheint da hingegen weniger Berührungsängste zu haben.
Nach einem Arbeitsunfall im Zoo wird Eva klar, dass sie einen Paten für Marie braucht. Zur Wahl stehen Gabriele, Daniel und Toni. Vor ihrer Entscheidung muss Eva die Kandidaten allerdings auf ihre Eignung testen.
Gabriele ist pleite und will nun den Schönheitschirurgen Dr. Wellenstein für sich gewinnen. Er hat sie und ihre Töchter zum Dinner in ein Restaurant eingeladen. Gabriele bittet Eva und Toni, mit ihr zusammen die perfekte Familie zu spielen.
