Yugi löst das Milleniums-Puzzle der ägyptischen Pharaonen. Bald reist er umher, um die Welt vor dem Spiel der Schatten zu bewahren
Yugi möchte seine Zukunft erfahren und überreicht einem Wahrsager sein Millenniumspuzzle. Doch statt einer Vorhersage wird er in eine Duellarena gelockt, wo er sich einem rätselhaften Fremden stellen muss, der ihn herausfordert.
Im Laufe eines Duells gegen einen Fremden gewinnt Yugi zunächst die Oberhand. Als ein Feuer ausbricht, wird die Lage für Yugi jedoch bedrohlich.
Ishitsu erlebt eine visuelle Reise in die Vergangenheit, in der ein großer Kampf zwischen einem Pharao und einem Magier im alten Ägypten stattfindet. Der Pharao trägt das Gesicht von Yugi, während der Magier das Gesicht von Kaiba hat.
Yugi arrangiert ein Treffen zwischen Tea und Yami-Yugi, um ihre Beziehung zu stärken. Anschließend beschließt die Gruppe, das Domino Museum zu besuchen, um in der ägyptischen Ausstellung mehr über die Vergangenheit zu erfahren.
Kaiba erhielt von Ishizu eine seltene Götterkarte. Um diese zu testen, muss er sich einem lebensbedrohlichen Duell stellen.
Joey möchte sich für ein Turnier anmelden und danach seine Schwester im Krankenhaus besuchen. Der Ladenbesitzer bemerkt jedoch, dass Joey eine seltene Karte besitzt. Um diese zu erlangen, hetzt der Händler die Raritäten-Jäger auf ihn.
Duellanten aus aller Welt versammeln sich für ein bevorstehendes Turnier in der Stadt. Joey sucht nach dem Rare Hunter, um seinen schwarzen Rotaugendrachen zurückzubekommen, doch dieser will nur gegen Yugi antreten.
Yugi erkennt die eigentliche Absicht des Rare Hunters und ändert seine Taktik, um die Exodia-Kette des Gegners zu zerstören. Das Duell erreicht eine entscheidende Phase, in der Yugi alles daran setzt, den Plan des Rare Hunters zu vereiteln.
Joey wird von Espa Roba, der über übernatürliche Fähigkeiten verfügt, zu einem Duell herausgefordert. Trotz einer Warnung von Rex Raptor nimmt Joey die Herausforderung an, beginnt jedoch zu zweifeln, als Espa seine Fähigkeiten zeigt.
Das Duell zwischen Espa Roba und Joey dauert an. Joey setzt gegen Espas Monster den Zauber der Zeit ein. Der Zauber zeigt jedoch bei dem Monster keine Wirkung.
Arkana lockt Yugi in eine Duellarena. Es geht im wahrsten Sinne um Yugis Seele, denn falls Yugi seine Lebenspunkte verliert, wird seine Seele ins Reich der Schatten verbannt.
Der Kampf zwischen Arkana und Yugi setzt sich fort. Doch für Yugi stehen die Chancen das Duell zu gewinnen schlecht, da er immer mehr Lebenspunkte verliert.
Yugi gewinnt das Duell gegen Arkana und bewahrt dessen Seele vor der Verbannung ins Schattenreich. Marik übernimmt anschließend Arkanas Seele, um Yugi das Millenniumspuzzle und seinen Geist zu entreißen.
Weevil fordert Joey zu einem Duell heraus, um seine Lokalisierungskarte zu erhalten. Ein anderer Junge hat zuvor eine Parasiten-Karte in Joeys Deck geschmuggelt, was das Duell für Joey gefährlich machen könnte.
Weevil setzt seine Riesenmotte im Duell gegen Joey ein. Doch mit Hilfe seiner Zauberkarte und der Unterstützung seiner Freunde kann Joey das Runder noch herumreißen.
Stellvertretend für Marik, kämpft sein willenloser Pantomime gegen Yugi. Dabei besitzt der ferngesteuerte Pantomime noch ein Ass im Ärmel, die ägyptische Götterkarte.
Insbesondere die ägyptische Götterkarte, welche der ferngesteuerte Pantomime von Marik erhielt, macht Yugi während dem Duell zu schaffen.
Der ferngesteuerte Pantomime gewinnt im Laufe des Duells gegen Yugi immer mehr die Oberhand. Doch als Yugi diesen in eine Endlosschleife zwängt, zieht Yugi so lange neue Karten wie er will.
Yami-Yugi sucht seine Freunde, wird jedoch von den Raritätenfängern zu einem Duell herausgefordert. Joey trifft auf Mako und fordert ihn ebenfalls zu einem Duell heraus, während Tristan, Tea und Großvater dabei sind.
Joey duelliert sich weiter mit dem Meeresduellanten und weiß dabei nicht, was in den Tiefen des Meeres auf seine Monster lauert.
Joey, Mokuba und Tea werden von den Raritäten-Jäger gefangen genommen. Dadurch werden Kaiba und Yugi gezwungen, sich einem Doppelduell gegen Lumis und Umbra zu stellen. Doch Kaiba ist an einer Teamarbeit mit Yugi nicht interessiert.
Das Doppelduell zwischen Kaiba, Yugi, Lumis und Umbra geht in die nächste Runde. Dabei wird das Duell für Kaiba und Yugi zunehmend schwieriger.
Während des Duells gegen Lumis und Umbra rettet Yugi Kaibas Lebenspunkte, was Kaiba die Bedeutung von Teamarbeit erkennen lässt. Lumis erschafft jedoch eine mächtige Bestie, die die Situation für Kaiba und Yugi gefährlich macht.
Obwohl Umbra ins Reich der Schatten stürzt und Lumis zusammenbricht, hält sich Marik nicht an die Abmachung und lässt Joey, Mokuba und Tea nicht frei.
Mithilfe des geflohenen Mokuba wollen Kaiba und Yugi die gefangenen Freunde retten.
Kaiba und Yugi entdecken ihre Freunde Joey und Tea, die von Marik kontrolliert werden. Marik hat es auf das Millenniumspuzzle und die Götterkarte abgesehen und fordert Yugi zu einem Duell heraus, um diese zu gewinnen.
Um seine ferngesteuerten Freunde zu retten, lässt sich Yugi auf einen Zweikampf gegen Marik ein. Auf Grundlage von Mariks Regeländerungen, darf Yugi dabei seine Götterkarte nicht einsetzen und dem Verlierer blüht Entsetzliches.
Joey steht weiterhin unter Mariks Einfluss und kämpft gegen Yugi, der versucht, ihn mit dem Schwarzen Rotaugendrachen und dem Millenniumspuzzle zu erreichen. Yugi hofft, Joeys Erinnerungen zu wecken und ihn aus der Kontrolle zu befreien.
Während der letzten Minuten im Zweikampf zwischen den zwei Freunden wird Joey von Marik gezwungen, den Meteor der Zerstörung gegen Yugi einzusetzen. Um seinen Freund nicht zu verletzen, wehrt sich Yugi nicht gegen die Attacke.
Yugi und seine Freunde nutzen sechs Lokalisierungskarten, um den Namen des Austragungsortes für die Endrunde des Battle City Turniers zu entdecken, was ihnen entscheidende Informationen für das bevorstehende Duell liefert.
Der drittklassige Hollywoodstar Jean-Claude Magnum erscheint und stellt Mai vor eine Herausforderung, indem er sie zu einem Duell auffordert. Sollte Mai verlieren, steht ein hoher Einsatz auf dem Spiel, den sie begleichen muss.
Auf Kaibas Luftschiff Nummer drei treffen sich die acht Finalisten des Turniers. Zu den Teilnehmern gehören Kaiba, Joey, Mai und Yugi sowie Bakura, Ishizu, Marik und Odion. Gemeinsam bereiten sie sich auf das bevorstehende Finale vor.
Im Finale wird Yugi durch ein Losverfahren gegen Bakura gestellt und erkennt bald, dass Bakura möglicherweise wieder vom alten bösen Geist besessen ist. Diese Erkenntnis wirft Fragen über den wahren Zustand seines Gegners auf.
Yugi steht im Duell gegen Bakura unter Druck, da er pro Runde nur einen Zug machen kann. Bakuras Schicksalstafel erschwert die Situation zusätzlich. Mit der Karte Monsteranimation gelingt es Yugi jedoch, die Oberhand zurückzugewinnen.
Während des Duells zwischen Bakura und Yugi entzieht Marik Bakura den bösen Geist, da er befürchtet, dass Yugi die Götterkarte ziehen wird. Der Geist kehrt jedoch aus Angst vor der Karte in Bakuras Körper zurück.
Tristan und Duke streiten um den Millenniumsring und drohen vom Luftschiff zu stürzen, werden aber von Shadi gerettet. Shadi berichtet von seiner Reise zu den ägyptischen Göttern. Ishizu hält an ihrem Glauben an das Gute in Marik fest.
Im zweiten Duell stehen sich Joey Wheeler und Odion gegenüber, der sich als Marik ausgibt. Odion nutzt geschickt eine Vielzahl von Fallenkarten, um Joey unter Druck zu setzen und ihn in eine schwierige Lage zu bringen.
Im Duell gegen Odion verliert Joey zunächst an Lebenspunkte und scheint in Bedrängnis zu geraten. Die Unterstützung seiner Freunde und seiner Schwester gibt ihm jedoch neue Kraft. Dadurch kann er einen erfolgreichen Gegenschlag ausführen.
Während dem Duell zwischen Joey und Odion, wird das Geheimnis um Odion und Mariks Familie gelüftet.
Odion wird von Marik gezwungen eine Kopie der ägyptischen Götterkarte Geflügelter Drache des Ra im Duell gegen Joey auszuspielen. Das beschwört den Zorn der Götter herauf. Daraufhin werden beide Duellanten von einem Blitz getroffen.
Mai und Marik sind die Finalisten des dritten Duells. Marik offenbart sich als Yami-Marik, der Herrscher des Reichs der Schatten, und verlegt den Austragungsort dorthin. Der Kampf zwischen Mai und Yami-Marik beginnt im Reich der Schatten.
Das Duell im Reich der Schatten zwischen Mai und Yami-Marik dauert an. Dabei wird das Duell für Mai immer schwieriger, denn für jedes Monster das Yami-Marik vernichtet, verliert Mai die Erinnerung an einen Menschen aus ihrem Leben.
Obwohl es Mai gelingt, Yami-Marik die Götterkarte Geflügelter Drache des Ra abzunehmen, ist sie nicht in der Lage die wahre Macht der Karte zu entfalten.
Mai liegt immer noch auf der Krankenstation und wird dabei von Serenity umsorgt. Unterdessen erfährt Kaiba endlich den Namen seines Duellpartners, Ishizu.
Ishizu setzt ihre Milleniumskette ein, um die gute Seite ihres Bruders Marik zu retten. Kaiba spürt jedoch die Macht des Millenniumsstabes und ändert seine Pläne, was den vorhergesehenen Verlauf des Duells beeinflusst.
Kaiba und Marik erreichen das Finale des Battle City Turniers. Ishizu überreicht Yugi ihre Millenniumskette, um die gute Seite ihres Bruders zu retten und Yugi im Kampf gegen Mariks böse Seite bessere Chancen zu geben.
Yami-Marik verliert im Duell gegen Yami-Bakura zunehmend die Oberhand, da sich der echte Marik im Duell vermehrt einschaltet. Dabei liegt das eigentliche Ziel von Yami-Bakura darin, dass Yami-Marik den Geflügelten Drachen des Ra ausspielt.
Yami-Marik und Yami-Bakura stehen sich im Duell gegenüber, wobei Yami-Marik den Geflügelten Drachen des Ra erlangt. Diese mächtige Götterkarte mit ihren geheimen Fähigkeiten könnte den Ausgang des Kampfes bestimmen.