Jaden Yuki möchte unbedingt an der von Seto Kaiba gegründeten Duellakademie aufgenommen werden! Hier wird den Schülern das Spielen des Kartenspiels "Duel Monsters" beigebracht.
Jaden beginnt das neue Schuljahr mit einem Duell gegen Aster Phoenix, der ihn für unwürdig hält, mit einem Heldendeck zu spielen. Syrus und die anderen erkennen schnell, dass Aster ein Superstar unter den Profi-Duellanten ist.
Chazz tritt im ersten Duell des neuen Schuljahres gegen den Neuling Reginald an und verteidigt die Slifer-Red Studenten, als Reginald sie verspottet. Syrus belauscht ein Gespräch, in dem Bonaparte das Abriss des Slifer-Red-Hauses fordert.
Jaden fordert Hassleberry heraus, um die verlorenen Dueldisks seiner Freunde zurückzuerlangen. Hassleberrys Monster machen ihm das Leben schwer, doch mit der Wolkenkratzer-Karte schafft Jaden die Wende und gewinnt das Duell schließlich.
Syrus kämpft mit Unterstützung von Hassleberry gegen seine Angst vor dem Duell mit Missy. Missy setzt auf eine aggressive Insektendeck-Strategie, unterliegt jedoch am Ende. Syrus gewinnt und zieht ins Ra-Yellow Haus ein.
Im Duell zwischen Zane und Aster Phoenix setzt Aster seinen Gegner mit Fallen- und Zauberkarten unter Druck. Trotz aller Bemühungen verliert Zane am Ende, was bei den Zuschauern für Sprachlosigkeit sorgt.
Aster Zane verbreitet das Gerücht, dass Jaden sein Deck mit Heldenmonstern kopiert hat und fordert ihn zu einem geheimen Duell heraus. Jaden muss sich gegen unbekannte Karten behaupten.
Aster versucht, die Geheimnisse der neuen Heldenkarten zu entschlüsseln, während er nach seinem Vater sucht, der vor Jahren entführt wurde. Sein Vater war ein Kartendesigner, was die Karten für Aster von besonderem Interesse macht.
Nach der Niederlage gegen Aster ist Jaden deprimiert und kann seine Karten nicht mehr lesen. Atticus versucht, Alexis für ein Popduo zu gewinnen, doch sie zeigt kein Interesse. Alexis macht ihre Entscheidung von einem Duell abhängig.
Sartorius plant, Chazz für die Gesellschaft des Lichts zu gewinnen, indem er ihm eine Profikarriere verspricht. Chazz muss jedoch zuerst sein Talent in einem Duell beweisen. Allmählich gerät Chazz unter Sartorius' Einfluss.
Jaden landet auf einem fremden Planeten und begegnet dem außerirdischen Delphin Aquos, der ihm bei der Rettung des Universums helfen soll. Nach einer Ohnmacht erwacht er auf der Akademieinsel und fragt sich, ob alles nur ein Traum war.
Der Quartierchef von Ra-Yellow setzt seine Kochkünste ein, um einen verlorenen Studenten zurückzugewinnen. Nach einer Niederlage im Duell gegen Hassleberry schafft er es dennoch, den Studenten mit einem gemeinsamen Essen zu ermutigen.
Syrus sucht jede Nacht nach seinem Freund Jaden und wird von Hassleberry zu einem Duell um den Titel "Jadens bester Freund" herausgefordert. Nach seinem Sieg sucht Syrus gemeinsam mit Hassleberry weiter nach Jaden.
Zane wird von Mr. Shroud zu einem gefährlichen Untergrund-Duell gegen Mad Dog überredet. Erst durch das Aufgeben seiner Prinzipien gelingt es ihm, den Kampf zu gewinnen und sich einen Ruf als gefürchteter Duellant zu erarbeiten.
Jaden wandert weiterhin auf der Insel und erinnert sich an frühere Duelle. Der Affe Wheeler hilft ihm, indem er ihn mit Bananen stärkt, sodass Jaden seine Suche nach der Duellakademie fortsetzen kann.
Aster wird von Bonaparte engagiert, um gegen Alexis anzutreten. Wenn sie verliert, wird das Slifer Red Haus dem Erdboden gleich gemacht. Plötzlich taucht Jaden auf und tritt anstelle Alexis' gegen Aster.
Jaden triumphiert über Aster im Duell mit außerirdischen Karten und verhindert die Pläne von Sartorius und Bonaparte. Aster bleibt an der Duellakademie, um Sartorius' tatsächliche Absichten zu erforschen und seine wahren Ziele zu verstehen.
Dr. Crowler und Bonaparte duellieren sich. Falls Bonaparte das Duell gewinnt, darf das Slifer Red Haus abgerissen werden. Aber Dr. Crowler kann mit einer durchdachten Strategie das Duell für sich entscheiden.
Als Chazz die Obelisk Blue Studenten auf seine Seite gezogen hat, duelliert er sich gegen Alexis und macht sie zu einem Teil der Gesellschaft des Lichts.
Der Profi Videospieler Lorenzo wird von Meister Sartorius an die Akademie geschickt, um gegen Jaden Yuki in einem Duell anzutreten. Jaden wartet mit seiner besten Karte bis zum Schluss und kann das Duell so für sich entscheiden.
Jaden steht im Duell gegen Anwalt X, der versucht, ihm alle Karten zu rauben. Jaden durchschaut die Taktik rechtzeitig und dreht den Spieß um. Er nimmt dem Anwalt alle Karten ab und geht als Sieger hervor.
Sartorius möchte Hassleberry unbedingt zu einem Duell herausfordern. Hassleberry macht sich zu Beginn über die Strategie seines Gegners lustig, muss sich aber am Ende geschlagen geben.
Jaden tritt gegen eine Prinzessin an, die ihn mit Fröschen und Kröten herausfordert. Er gewinnt das Duell und wählt die Heimatstadt von Yami Yugi als Reiseziel.
Jaden und seine Freunde besuchen Domino-City und begegnen Yugis Großvater. Als dieser plötzlich verschwindet, teilen sie sich auf, um ihn zu finden. Syrus und Hassleberry werden dabei von Thunder und Frost zu einem Duell herausgefordert.
Sartorius besucht Kaiba mit dem Wunsch, Kaiba Land exklusiv zu mieten. Währenddessen sind Jaden, Yugis Großvater und Aster auf der Suche nach Syrus und Hassleberry. Diese befinden sich noch in einem Duell gegen Thunder und Frost.
Sarina hetzt ihre Handlanger auf Jaden, um ihn in einem Duell zu besiegen und zu entführen. Jaden entkommt den Angriffen des Pseudo-Rappers T-Bone, doch Sarina hat noch ein Ass im Ärmel, um ihn zu erpressen.
Jaden und Aster betreten Kaibas virtuelle Realität und werden digitalisiert. Sie treffen auf Hassleberry und Syrus, die seltsam verändert sind. Sarina erscheint und fordert sie zu einem Duell heraus, um den Auserwählten zu bestimmen.
Sarina plant einen entscheidenden Test, um den Auserwählten zu identifizieren. Jaden und Aster beweisen ihre Stärke durch gute Teamarbeit und versprechen, Sartorius zu helfen, sich von der Macht zu befreien, die ihn kontrolliert.
Nach ihrer Rückkehr entdecken die Studenten, dass Alice für die ungewohnte Ordnung verantwortlich ist und Hassleberry verliebt sich in sie. Alice zeigt jedoch eine finstere Seite, als sie Jaden zu einem Duell herausfordert.
Jaden trifft auf Bob, der wahnsinnig in Alexis verliebt ist. Um sie zu beeindrucken, fordert er Jaden zu einem Duell heraus. Das Duell wird wie eine Quizshow ausgelegt und obwohl Jaden viele Vorteile nicht nutzt, siegt er am Ende.
Bastion will in der Weißen Unterkunft aufgenommen werden, um sein Talent zu beweisen. Nach einer Absage fordert er Sartorius heraus, trifft jedoch auf Chazz. Bei einer Niederlage droht ihm der Beitritt zur Gesellschaft des Lichts.
Zane wird von Sheppard in einem entlegenen Tempel zu einem Duell herausgefordert, um ihn zu ändern. Zane siegt und erhält das Unterwelt-Deck sowie eine Medaille, die ihm Zugang zu einem ultimativen Turnier verschafft.
Profis aus der ganzen Welt treten beim GX Turnier an der Duellakademie an. Jeder Teilnehmer erhält ein Medaillon, das bei einem Sieg gegen einen Gegner gewonnen werden kann. Prinz Ojion wird von Meister Sartorius herausgefordert.
Franz, ein Karten-Designer bei Industrial Illusions, stiehlt eine Kopie der ägyptischen Götterkarte Ra und verwendet sie in einem Turnier in der Duellakademie. Jaden nutzt die Karte im Duell gegen Franz und gewinnt.
Der Duellmeister der darstellenden Künste, Orlando, tritt gegen Jaden an. Jaden kann das Duell für sich entscheiden und so sein erstes Medaillon gewinnen.
Jaden findet jene drei Ojama Karten, die Chazz einst weggeworfen hat. Mit seinen ehemaligen Lieblingskarten tritt er in einem Duell gegen Chazz an. Allerdings scheint es so, als wären die Karten von Meister Sartorius stärker.
Jaden schafft es, Chazz aus der Gehirnwäsche von Sartorius zu befreien und ihn in die Gegenwart zurückzuholen. Nach seiner Niederlage gegen Jaden holt Chazz seine Ojamas zurück und beschließt, Alexis aus Sartorius' Fängen zu retten.
Um seinen Freund aus der Finsternis zu befreien, stellt sich Atticus Zane in einem Duell. Obwohl Zane das Duell gewinnt, legt er keinen Wert auf das gewonnene Medaillon.
Die alten Bekannten Damon und Belowski messen sich mit Profis und gehen als Sieger hervor. Alexis stellt sich ebenfalls einem Profi, Maitre D, und gewinnt. Alle drei zeigen beeindruckende Leistungen in ihren jeweiligen Herausforderungen.
Jaden tritt in einem Duell gegen Lucien an, der durch einen Pakt mit dem Sensenmann jede gewünschte Karte ziehen kann. Jaden hilft Lucien, sein Selbstvertrauen zurückzugewinnen und den Pakt aufzulösen.
Nach ihrer Entlassung durch Kanzler Sheppard suchen Bonaparte und Crowler bei Pegasus auf der Insel nach Arbeit. Pegasus fordert sie zu einem Duell heraus, bei dem sie verlieren. Trotz der Niederlage erhalten sie von Pegasus ein Jobangebot.
Jaden und Aster bekommen Schlüssel von Sartorius' guter Seite, um einen Satelliten zu kontrollieren, der die Gedanken der Menschen beeinflussen kann. Alexis versucht, Jaden seinen Schlüssel im Duell abzunehmen, was ihn stark fordert.
Alexis setzt Jaden im Duell stark unter Druck, bis er nur noch 100 Lebenspunkte hat. Mit Hilfe der Karten seiner Freunde schafft er es, Alexis zu besiegen und sie aus der Kontrolle der Gesellschaft des Lichts zu befreien.
Syrus verbessert sich im Duellieren und Jaden schlägt vor, gegen Zane anzutreten. Syrus hofft, Zane durch eine Niederlage von seinem Unterwelttrip abzubringen. Anfangs führt Syrus, doch am Ende verliert er das Duell.
Satorius versucht immer noch die Schlüssel für die Satellitensteuerung zurück zu bekommen und arrangiert ein Duell zwischen Professor Eisenstein und Jaden. Wenn Jaden verliert, muss er seinen Schlüssel abgeben.
Aster sucht immer noch die Schicksalskarte, die seinem Vater vor vielen Jahren entwendet wurde. Er ist sich sicher, wenn er die Karte findet, findet er auch den Entführer seines Vaters. Während eines Duells zwischen "D" und Collector erfähr
Aster erfährt mehr zu den Gründen warum und wie sein Vater verschwand. Als er Kontakt zu ihm aufnimmt, erfährt er, dass Sartorius vom dunklen Licht besessen ist und Aster die Welt nur retten kann, wenn er ihn besiegt.
Jaden wird von Linda gebeten sich mit dem Prinzen Ojin zu duellieren. Wenn Jaden siegt, kann er den Prinzen aus den Fängen von Sartorius befreien. Aber wenn er verlieren sollte, muss er seinen Satellitenschlüssel aushändigen.
