Jaden Yuki möchte unbedingt an der von Seto Kaiba gegründeten Duellakademie aufgenommen werden! Hier wird den Schülern das Spielen des Kartenspiels "Duel Monsters" beigebracht.
Ein neues Schuljahr beginnt für Jaden und seine Freunde, Chazz kehrt zurück, und Blair startet ihr erstes Jahr. Kanzler Sheppard versucht, Professor Viper an die Akademie zu holen, während Jaden in Erinnerungen an frühere Duelle schwelgt.
Das neue Schuljahr an der Duellakademie startet mit Veränderungen: Vier Austauschstudenten, darunter Jesse Andersen, und der strenge Professor Thelonius Viper, der die Kontrahenten für ein Showduell bestimmt, sorgen für Aufregung.
Jadens Kontrahent im Showduell ist der Austauschstudent Jesse Andersen mit seinen Kristallungeheuern. Um einen legendären Drachen hervorzurufen, spielt Jesse seine sieben Kristallungeheuer.
Um Syrus zu retten, tritt Jaden gegen den Austauschstudenten Alex Brodie an. Professor Viper hat Alex zu diesem Duell angestiftet, um Jadens Energie mit einem Bioband zu entziehen. Vipers Plan ist es, Jaden zu schwächen.
Das Duell zwischen Axel und Jaden geht weiter. Axel setzt alles daran Jaden zu besiegen und übergeht somit den Anweisungen von Professor Viper.
In Hassleberry gewinnt die Dino-DNS die Oberhand, was zu einem Duell mit Jim führt. Gleichzeitig zeigt Jims Krokodil Shirley unerklärliche Aggressionen, was die Situation weiter verkompliziert.
Viper versucht, Adrian mit seinem auf höchstem Level eingestellten Bioband aus dem Weg zu räumen, indem er die Duellenergie eines Schülers absorbiert. Der Austauschschüler vereitelt Vipers Vorhaben, wird jedoch von Chazz herausgefordert.
Die Studenten sind nach einem intensiven Duell erschöpft, insbesondere Adrian, der gegen Chazz gewonnen hat. Inmitten dieser Erschöpfung sorgt Kanzler Sheppard für eine unerwartete Wendung, indem er die Duellakademie verlässt.
Während Alexis, Hassleberry, Jaden, Jim und Syrus versuchen, in das Testlabor von Viper einzudringen, wird Alexis in eine Falle gelockt. Gleichzeitig wird Jaden von seinem ehemaligen Lehrer Professor Stein zu einem Duell herausgefordert.
Jesse steht vor der Herausforderung, sich dem Fallensteller Trapper in einem Duell zu stellen. Trapper hat es auf die Kristallungeheuer abgesehen, um letztendlich den legendären Regenbogendrachen zu rufen.
Jesse und Trapper setzen ihr Duell fort, wobei Trapper auf unfaire Methoden zurückgreift. Jesse erhält Unterstützung von seinem Freund Jaden, während Viper ein Duell gegen Jaden plant, um Energie zu sammeln.
Viper versucht, seine Duellenergie zu maximieren, indem er sich zunächst mit Adrian duelliert. Sein Ziel ist es, genug Energie zu sammeln, um einen neuen Körper zu erwecken. Dafür braucht er zusätzlich die Energie von Jaden.
Professor Viper enthüllt während des Duells mit Jaden sein wahres Ziel: Er möchte die gesammelte Energie nutzen, um seinem Sohn Rick einen neuen Körper zu geben. Viper hat dabei die besseren Karten und gute Chancen.
Viper gewinnt in Duell gegen Jaden zunehmend die Oberhand. Nachdem Viper die Karte Vennominaga, die Gottheit der giftigen Schlangen gezogen hat, bleiben Jaden nur noch drei Runden bis zum totalen Verlust seiner Lebenspunkte.
Jaden und seine Freunde gelangen in eine Wüstenwelt, die von Duellmonstern beherrscht wird. Dort begegnen sie dem lange verschollenen Duellanten Bastion, der von seinen Forschungen mit Professor Einstein berichtet.
Jaden, Jim, Jesse, Axel und Adrian begeben sich auf die Suche nach einem U-Boot in der Wüste, das laut Bastions Berichten Medikamente und Verpflegung enthalten könnte. Auf ihrem Weg dorthin erleben sie verschiedene Abenteuer.
Jaden und seine Freunde entdecken nach ihrer Rückkehr zur Akademie mit Medikamenten, dass keine Studenten anwesend sind. Später treffen sie auf Chazz und Syrus, die sich ungewöhnlich verhalten und Jaden zu einem Duell herausfordern.
Jaden und Jesse versuchen, einen Erste-Hilfe-Koffer zu Blair in die Krankenstation zu bringen. Auf dem Weg dorthin werden sie von ihren spielverrückten Mitschülern gestoppt, die sich immer noch merkwürdig verhalten.
Drei Studenten versuchen, heimlich an die Vorräte der Akademie zu gelangen und begegnen Marcel, der sich merkwürdig verhält. Er verlangt als Gegenleistung für Nahrung, dass sie sich mit Jaden und den anderen Freunden duellieren.
Jaden, Jesse und Jim setzen ihre Duelle fort. Nach Jadens Sieg begegnet er Marcel in der Wüste. Marcels Geschichte wird enthüllt, und ein Geist gibt den Freunden wertvolle Hinweise zur besseren Orientierung.
Jaden versucht durch ein Duell mit Marcel zu verhindern, dass die Heiligen Ungeheuer in falsche Hände geraten. Gleichzeitig nimmt Bastion erfolgreich Kontakt zu Professor Einstein auf.
Echos Versuch, Pegasus davon abzuhalten die Steintafel zu bekommen, misslingt. Währenddessen wird Jaden von Syrus zu einem Duell herausgefordert. Derweil befreit Marcel die drei Heiligen Ungeheuer. Auch Jesse muss sich einem Duell stellen.
Jesse und Zane setzen ihr Duell fort, wobei Jesse genug Energie für das Portal sammelt. Professor Einstein schickt eine Karte in die andere Welt. Gleichzeitig fordert Marcel Jaden zu einem Duell heraus.
Axel und Jesse suchen nach der Regenbogendrachenkarte. Nachdem sie diese gefunden haben, können sie Jaden im Duell gegen Marcel unterstützen. Aber auch Marcel bekommt daraufhin mehr Lebenspunkte.
Das Duell zwischen Jaden und Marcel geht weiter. Im Lauf des Duells gibt sich Yubel, welche Marcel kontrolliert, preis. Jesse ist unterdessen in der Lage das Portal in ihre Heimatdimension zu öffnen.
Jaden und seine Freunde kehren in ihre Heimatdimension zurück, doch Jesse fehlt. Jaden gibt sich die Schuld wegen seiner Vergangenheit mit Yubel und setzt alles daran, Jesse aus der anderen Dimension zu retten.
Jaden und seine Freunde entdecken eine Dimension, die nicht Jesses Gefängnis ist, sondern von Duellmonstern kontrolliert wird. Axel plant, die Energiequelle zu zerstören, während Jaden gegen einen bösartigen Geflügelten Wächter kämpft.
Jaden stellt sich dem Monster Scarr, gewinnt das Duell und rettet einen Jungen. Scarr zerfällt zu Staub und wird zu den Sternen geschickt. Gemeinsam mit dem geretteten Jungen finden die Freunde neue Verbündete im Kampf gegen die Finsternis.
Jaden begibt sich auf die Suche nach Jesse und wird von Zure in einen Hinterhalt gelockt, der ihm offenbart, dass seine Freunde gefangen sind. Trotz sinkender Lebenspunkte erhält Jaden im entscheidenden Moment Unterstützung von Sir Freed.
Jaden steht vor der Herausforderung, seine Freunde aus den Fängen des verrückten Königs Brron zu befreien, indem er ein Duell gegen ihn bestreitet. Bei jedem Angriff wird einer seiner Freunde zu einer Rune und landet im bösen Buch Kanon.
Jaden setzt sein Duell gegen Brron fort, wobei seine Freunde in die Sternenwelt geschickt werden. Nur Alex, Syrus und Jim können sich retten und wenden sich von Jaden ab, als der oberste König der finsteren Welt erscheint.
Syrus irrt im Wald und versinkt in Traurigkeit über Jadens Zustand, woraufhin er die Freundschaft für beendet erklärt. Nach einer Begegnung mit seinem Bruder Zane beschließt Syrus, seinen Freund zu suchen und ihm zu helfen.
Axel und Jim erhalten Informationen über die finsteren Pläne des obersten Königs von einem Duellmonster. Sie wollen einem Dorf helfen, das gegen die Diener des Königs kämpft, doch Jim wird vorher zu einem Duell herausgefordert.
Axel und Jim treffen auf den Obersten König, der äußerlich Jaden ähnelt, jedoch nicht dessen freundliches Wesen hat. Jim stellt sich einem Duell, um Jadens gute Seite zu retten und enthüllt dabei sein Auge des Orichalcum.
Der Kampf zwischen Jim und dem Obersten König spitzt sich zu. Jim versucht vergeblich, Jaden zu beeinflussen, doch das Böse in ihm bleibt stark. Jim steht kurz davor, seine Lebenspunkte zu verlieren und zu den Sternen geschickt zu werden.
Axel Jaden ist die letzte Hoffnung nach Jims Niederlage gegen den Obersten König. Aus Angst vor einem Duell flüchtet Axel zu einer Festung, in der sich Menschen verstecken. Aster und Zane suchen ebenfalls nach dieser Festung.
Axel, nun Anführer des Dorfes, erhält Unterstützung von ehemaligen Gefangenen und Freunden, um die finstere Armee des Obersten Königs zu besiegen. Gemeinsam dringen sie bis in den Palast vor und fordern den König heraus.
Axel erkennt im Kampf gegen den Obersten König, dass Jaden noch eine gute Seite hat. Ojama entdeckt, dass Jesse der unheimliche Verfolger ist und teilt diese Nachricht Axel mit, was das Duell entscheidend beeinflusst.
Aster erkennt die Verbindung zwischen Echo und Adrian, als sie in einer Höhle auf den Austauschschüler treffen. Adrian hat sich mit Yubel verbunden und verfolgt ein geheimes Ziel. Aster fordert ihn heraus, bevor Echo reagieren kann.
Im Duell zwischen Adrian und Aster verliert Echo ihre Duellenergie, während Aster verzweifelt versucht, Adrians Sieg zu verhindern. Trotz seiner Bemühungen bringt Aster sich und seine Freunde in Sicherheit, bevor er das Duell verliert.
Jaden glaubt, Jesse hinter einem großen Wüstentor zu finden. Zane fordert ihn zu einem Duell heraus, um ihn von dieser Idee abzubringen. Geschwächt kann Jaden keine Fusionskarten spielen, was der Wächter von Baou ausnutzt.
Jaden überwindet seine Zweifel und besiegt den Wächter Baou mithilfe seiner Fusionsmonster. Zane erkennt, dass Jesse von Yubel besessen ist und gewinnt die Oberhand im Duell gegen sie, doch sein geschwächter Zustand wirft Fragen auf.
Zane, gesundheitlich angeschlagen, verliert die Kontrolle und das Duell gegen Yubel. Jaden fordert Yubel heraus, die den Kampf auf der anderen Seite des Tores austragen möchte. Die Spannung zwischen den Charakteren steigt weiter an.
Jaden, Syrus und Dr. Crowler betreten das große Tor, um Jesse aus Yubels Fängen zu befreien. Tania und Bastion suchen währenddessen nach den anderen Freunden. Adrian tritt mit den Kräften von Exodia in einem Duell gegen Yubel an.
Jesse versucht, Adrian zu beeinflussen, doch Adrian kann sich der Finsternis entreißen und will Exodia einsetzen. Jaden trifft am Austragungsort des Duells ein und es bleibt unklar, ob er Yubel herausfordern wird.
Im entscheidenden Duell gegen Yubel besinnt sich Jaden auf seine Grundwerte und nutzt seine Fusionskarte. Er versucht, mit Flammflügelmann Jesses Geist aus dem Regenbogenfinsternisdrachen zu befreien.
Im Duell gegen Yubel versucht Jaden, Jesse zu retten, indem er seine Monster und die Karte Superpolimerisation einsetzt. Trotz seiner Bemühungen hat Yubel alles strategisch vorbereitet, um Jadens Pläne zu durchkreuzen.
Jaden rettet Jesse aus Yubels Fängen und tritt anschließend in einem Duell gegen Yubel an. Syrus begegnet den verlorenen Freunden und unterstützt Jaden dabei, sich mit seiner dunklen Seite auseinanderzusetzen.
Jaden besinnt sich auf die Kräfte des Obersten König und hat dieses Mal die Kontrolle über seine dunkle Seite. Gemeinsam mit seinem Freund Jesse erzeugt er eine Fusion der Freundschaft. Diese Fusion könnte ihm helfen, Yubel zu besiegen.
Im Duell zwischen Jaden und Yubel wird ihre Vergangenheit enthüllt, in der Yubel den Obersten König gegen die Dunkelheit im Universum schützen sollte. Nach dieser Erkenntnis vereinen sich Jaden und Yubel und reisen gemeinsam zu den Sternen.