Boruto Uzumaki will in die Fußstapfen seines berühmten Vaters Naruto treten und ein Ninja werden.
Tosaka glaubt, ein stärkeres Fluchmal zu besitzen als Jugo. In einem Zweikampf mit Jugo will er dies aller Welt beweisen, doch es kommt anders. Jugo besiegt Tosaka und absorbiert dessen Fluchmal vollständig. Tosaka ist geschlagen.
Kotaro und seine Polizeitruppe sind einem Juwelendieb auf den Fersen. Kurz bevor sie ihn dingfest machen, taucht er in einer Gruppe Obdachloser unter. Trotz der schnellen Festnahme aller vier Obdachloser kann kein Edelstein gefunden werden.
Mitsuki besucht Orochimaru, um ihm zu berichten, dass es ihm nicht gut geht. Dabei erwähnt er, seltsame Träume zu haben, die angefangen haben, als sie auf Oonoki getroffen sind. Log und Mitsuki beschließen, sein Gehirn zu analysieren.
Mirai freut sich auf eine wichtige Mission, die als S-Rang-Mission gekennzeichnet wurde und verabschiedet sich von ihrer Mutter. Bevor sie die Mission antritt, möchte sie noch am Felsen ihres Vaters Asuma und ihres Großvaters vorbeischauen.
Mirai ist nach wie vor besorgt darüber, nicht genug Klamotten eingepackt zu haben, als sie endlich das Heißquellendorf erreichen. Dort ist die gesamte Stadt in Aufruhr, denn es findet gerade das Hunde-Katzen-Festival statt.
Tenten hat Mirais Klamotten vorbeigebracht, da sie sowieso ein paar freie Tage und die heißen Quellen besuchen wollte. Plötzlich hören sie einen Schrei von Guy, der behauptet, einen Geist gesehen zu haben.
Auf dem Weg zu den heißen Quellen, die Tatsumi im Gedenken an ihre tote Mutter besuchen will, müssen Mirai, Kakashi, Guy und Tatsumi enttäuscht feststellen, dass ein Erdbeben einen riesigen Felsbrocken auf die Quelle geschleudert hat.
Nachdem Mirai von Tatsumi erfahren hat, dass diese zu einer heißen Quelle will, bei der man die Toten wiedertreffen kann, entschließt sie sich, Tatsumi dorthin zu begleiten. Sie hofft, dort ihren verstorbenen Vater Asuma wiederzusehen.
Mirai ist skeptisch, was den Kult-Anführer Ryuki angeht, besonders als er alle von seinem speziellen heiligen Wasser trinken lassen will. Mit einer Fangfrage entlarvt sie Ryuki als Schwindler, und dieser lässt daraufhin seine Maske fallen.
Naruto steht unter Zeitdruck, da er in kürzester Zeit einen geeigneten Kandidaten für den Posten des Chunin präsentieren muss. In seiner Verzweiflung bittet er Shikamaru, ihn bei der Auswahl zu unterstützen.
Shikadai wird, kaum zum Chunin ernannt, in seine erste Mission als Kommandant hineingeworfen, die gar nicht so leicht ist, wie sie zuerst erscheint. Er soll sein Team einen Berg hinaufführen, um Pflanzen zu finden.
Ein neues Kartenspiel bereitet der ganzen Stadt Freude. Nachdem Shino-sensei entdeckt, dass er bei diesen Ultra-Shinobi-Karten nicht dabei ist, wirkt er auf Boruto, Metal und Shikadai sehr geknickt. Die drei kontaktieren den Hersteller.
In Konoha treibt ein Bombenleger sein Unwesen und Kakashi geht der Sache auf die Spur. In Team 25 bemerkt er dann, dass sich die Beteiligten selbst im Wege stehen und steuert getarnt als Scare den Problemen entgegen.
Boruto ist mit Konohamaru unterwegs und wird Zeuge, wie eine junge Frau von einigen Kerlen verfolgt wird. Konohamaru rettet die junge Frau namens Remon. Zum Dank lädt sie die beiden zum Burger-Essen ein.
Boruto und Konohamaru erfahren, dass Remon in Hochzeitsvorbereitungen mit ihrem Verlobten Kankitsu steckt, und sie verlassen auf Kankitsus Drängen hin das Anwesen. Da ihnen die Sache aber komisch vorkommt, kehren sie zum Anwesen zurück.
Auf der Suche nach der verschwundenen Asaki, bemerkt Konohamaru Kankitsu und folgt ihm heimlich zum Schrein des Dorfes. Es stellt sich als Falle heraus, und Kankitsu lässt Konohamaru aus dem Dorf abführen.
Die Hochzeit von Kankitsu und Remon, um das Monster Soma weitere 100 Jahre im Felsen zu versiegeln, hat bereits angefangen, als Kankitsu sein wahres Gesicht zeigt und statt der Hörner des Monsters den Stein zerschlägt, um Soma zu befreien.
Die Kenin von Konoha unterhalten sich darüber, wie sie ihre freien Tage verbringen werden. Boruto ist nicht glücklich mit der Idee, mit seiner Familie auf einen Campingausflug zu gehen. Er wartet darauf, dass Sasuke den Falken schickt.
Gaara gibt Boruto die Aufgabe, Shukaku zusammen mit Kankuro und Shinki nach Konoha zu Boruto zu bringen. Shukaku ist erst nicht damit einverstanden, springt aber dennoch in den Teekessel, um darin transportiert werden zu können.
Kankuro stellt sich den Marionetten und will Shinki und Boruto dadurch mehr Zeit verschaffen. Die beiden rennen alleine weiter. Seine Gegner sind stärker als gedacht. Er entschließt sich dazu, seine eigenen Puppen in die Luft zu jagen.
Shinki kämpft gegen eine der Puppen und wird von einer Giftnadel getroffen. Shukaku zieht Shinki damit auf, dass Boruto ihm im Kampf hätte aushelfen können und sie zu zweit gewinnen könnten. Boruto holt Shinki und Shukaku schließlich ein.
Boruto und Shinki sind mit Meister Shukaku auf dem Weg nach Konoha, als Urashiki wieder auftaucht. Mittels eines Versiegelungs-Jutsu gelingt es Shinki, Urashiki kampfunfähig zu machen. Das wirkt aber nur vorübergehend.
Der Plan, Urashiki mit dem falschen Teekessel zu täuschen, geht auf. Er verfolgt Boruto, während Shinki mit Shukaku in dem echten Teekessel bis zum Feuerreich vordringt. Allerdings muss sich Boruto nun allein dem Kampf stellen.
Shukaku ist sicher in Konoha angekommen. Bis sein Schutzort fertig ist, bleibt er bei Narutos Familie. Er erkennt, dass Borutos Schwester Himawari über besondere Kräfte verfügt. Um ihrem Geheimnis auf die Spur zu kommen, folgt er ihr.
Boruto entdeckt im Familien-Fotoalbum Meister Jiraiya, einen der legendären Sannin, der Narutos Lehrmeister war. Der verrückt aussehende Alte hat Bücher geschrieben. Die als "Flirt-Taktiken" bezeichnete Reihe erregt Borutos Interesse.
Naruto versetzt das Dorf in Alarmbereitschaft, weil Urashiki im Anmarsch ist. Allen ist klar, dass der Otsutsuki es auf das Fuchs-Chakra des Bijuu abgesehen hat, der im Hokage versiegelt ist. Narutos Leute stellen sich Urashiki entgegen.
Boruto und Sasuke sind beim Kampf mit Urashiki durch ein Zeitfenster gestürzt und ein paar Tage vor Urashikis Angriff im Konoha der Vergangenheit eingetroffen. Sollen sie trotz Karasukis Warnung in die Vergangenheit eingreifen?
Der Fünfte Hokage lässt alle Genin versammeln, um einen geheimnisvollen Sonderbefehl ausführen zu lassen. Naruto und Boruto müssen ihre kleine Dorfführung unterbrechen. Später werden Sasuke, Naruto und Boruto von Urashiki überrascht.
Urashiki entführt Naruto, kann aber nicht ohne Weiteres dessen Chakra extrahieren. Er findet heraus, dass dies aufgrund eines Versiegelungsjutsus nur auf Umwegen möglich ist. Boruto, Sasuke und Jiraiya suchen nach Urashikis Versteck.
Boruto und Naruto trainieren gemeinsam, um ein Kombinationsjutsu zu entwickeln. Dabei steht Boruto immer wieder seine Angst im Weg, die er durch die Begegnung mit dem Neunschwänzigen entwickelt hat. Sasuke kommt zu Hilfe.
Jiraiya stellt zusammen mit Sasuke einen Schlachtplan auf, um Urashiki entgegenzutreten. Naruto und Boruto trainieren weiter an dem Kombinationsjutsu und erzielen erste Erfolge. Aber dann werden sie von Urashiki überrumpelt.
Boruto, Jiraiya, Sasuke und Naruto kämpfen gegen Urashiki. Sasuke bringt ein Opfer, damit die anderen fliehen können. Er wird von Sakura gefunden, die versucht, ihn zu heilen. Boruto und Jiraiya entwickeln eine Strategie gegen Urashiki.
Urashiki will Boruto und Jiraiya töten, um Naruto derart wütend zu machen, dass der den Neunschwänzigen freilässt. Wenn es Urashiki gelingt, das Chakra des Neunschwänzigen in sich aufzunehmen, wird seine Macht grenzenlos.
Nachdem Urashiki endgültig besiegt ist, kehren Boruto und Sasuke mithilfe der Zeitsprung-Schildkröte in das Konoha ihrer Zeit zurück. Damit es keine Probleme gibt, löscht Sasuke mit einem Jutsu die Erinnerungen von Jiraiya und Sakura.
Sumire Kakei wurde zum Ninja-Werkzeugtechnikteam versetzt. Er verlässt deshalb Konoha und das Team 15. Als Ersatz kommt ein sehr provokanten Mädchen ins Team. Die Neue heißt Tsubaki und ist eine Samurai aus dem Eisenreich.
Boruto hat kein Geburtstagsgeschenk für Opa Hiashi. Um rauszufinden, was seinem Opa gefallen könnte, schleichen sich Boruto und Mitsuki auf das Anwesen des Hyuga-Klans. Sie sehen, wie Hiashi von einem Shinobi zum Kampf herausfordert wird.
Team 40 soll ein verlorenes Tierchen einfangen. Dabei verliert Enko die Kontrolle über ihre Kräfte und randaliert. Ihre beiden Teamkameraden können sie nur mit Betäubungsmittel stoppen. Ibiki soll nun Enkos Platz im Team einnehmen.
Team 10 hat mit der Unterstützung von Shikadai eine Mission gemeistert. Darüber kann sich nur Inojin nicht freuen, denn er hat in einem brenzligen Moment gekniffen. Er bittet seine Eltern darum, ein wichtiges Jutsu mit ihm zu trainieren.
Eine Gruppe von Gefangenen wird ins Shinobi-Gefängnis Schloss Hozuki gebracht. Unter ihnen befinden sich auch Boruto und Mitsuki. Sie sollen als Undercover-Insassen herausfinden, wer der Anführer der berüchtigten Mujina-Bande ist.
Mitsuki, Boruto und Sarada ermitteln weiter im Gefängnis. Sie wollen wissen, wer Kokuri überfallen hat. Sie kommen dahinter, dass der Chefaufseher Benga seine Machtposition ausnutzt, um geheime Deals mit Gefangenen auszuhandeln.
Als im Schloss Hozuki einem Angestellten ein Holztalisman gestohlen wird, veranlasst Benga eine Durchsuchung aller Zellen. Boruto und Mitsuki vermuten, dass es sich bei dem Dieb um dieselbe Person handelt, die Kokuri angegriffen hat.
Boruto beschleicht das Gefühl, dass Kokuri etwas verheimlicht. Während er versucht, mehr herauszufinden,will Tsukiyo, ein ebenfalls im Hozuki-Schloss inhaftiertes, hohes Tier in der Mujina-Bande, Kokuri in Zellenblock 2 verlegen lassen.
Kokuri soll nun tatsächlich in Zellenblock 2 verlegt werden. Wenn Boruto und seine Mitstreiter ihn retten wollen, müssen sie schnell handeln. Sie planen die Flucht mit einem Versorgungsschiff. Der Mithäftling Kedama belauscht den Plan.
Boruto und Mitsuki wollen mit Kokuri aus dem Gefängnis ausbrechen, obwohl das vereinbarte Startsignal von Sarada ausgeblieben ist. "Burgherr" Benga hat bereits von dem Plan erfahren. Er hetzt einen Ninjahund auf die Ausbrecher.
Boruto, Sarada, Mitsuki und Kokuri scheint der Ausbruch geglückt zu sein, aber plötzlich taucht Tsukiyo auf. Er will Kokuris Kopf, weil er ihn als einen Verräter betrachtet. Dazu setzt er das mächtige Schattendoppelgänger-Jutsu ein.
Boruto hat einen seltsamen Traum, der ihn nicht loslässt. Er verpatzt deshalb sogar eine Routinemission. Und dann soll er auch noch den Leibwächter für Lord Tento, den arroganten kleinen Sohn des Feudalherrn des Feuerreichs, spielen.
Boruto passt auf Lord Tento auf. Der freche Knirps nervt so lange, bis Boruto einknickt und ihn in die Techniken der Ninja einweiht. Er glaubt, dass der Bengel sowieso schnell aufgibt, aber der junge Herr entpuppt sich als ehrgeizig.
Bei den Vorbereitungen für eine Mission entdeckt Boruto, dass Tento ihm unbemerkt die Ushika-Karte zugesteckt hat, die er schon so lange suchte. Boruto will sich bedanken und erfährt so, dass Tento von der Mujina-Bande entführt wurde.
Shojoji, der Boss der Mujina-Bande, beherrscht das verbotene Leichendoppelgänger-Jutsu. Er kann so die Gestalt und Wesen einer anderen Person annehmen. Als Tento getarnt, will er an den Daimyo herankommen. Boruto stellt sich ihm entgegen.
Sakura bietet einen Kurs in Arzt-Ninjutsu an, den mindestens ein Mitglied jedes Teams besuchen muss. Im Team 7 fällt die Wahl auf Sarada, die als Tochter von Sakura besonders geeignet erscheint. Aber Sarada mag Arzt-Ninjutsu so gar nicht.
Denki hat die Missionsauftritte von Team 5 und Team 15 verglichen. Daraufhin beschließt Team 15, intensiver zu trainieren und auch innerhalb des Teams miteinander in Wettstreit zu treten. Dadurch werden die Ergebnisse noch schlechter.