Boruto Uzumaki will in die Fußstapfen seines berühmten Vaters Naruto treten und ein Ninja werden.
Die "weiße Kreatur" stellt sich als ein übrig gebliebener Shiro Zetsu heraus, einst erschaffen von Kaguya Ootsutsuki und schnell muss Team 7 feststellen, dass sie es mit einem starken Gegner zu tun haben.
Himawaris Geburtstag steht bevor und Naruto verspricht, dabei zu sein, während Boruto nach einem Kampf gegen Shiro Zetsu an sich zweifelt. Sarada motiviert ihn, an der Chunin-Auswahlprüfung teilzunehmen, um seine Fähigkeiten zu beweisen.
Sasuke berichtet Naruto und Shikamaru über die Ootsutsuki. Auf dem Rückweg trifft er Boruto, erkennt in ihm den jungen Naruto und sie sprechen über Borutos Verhältnis zu seinem Vater. Boruto bittet Sasuke, sein Lehrer zu werden.
Boruto überzeugt Sasuke, ihn zu unterrichten, und erfährt dabei viel über die Vergangenheit seines Vaters Naruto. Während die Chunin-Auswahlprüfung bevorsteht, kehrt Gaara, der 5. Kazekage, mit seinen Zöglingen nach Konoha zurück.
Die Chunin-Auswahlprüfung startet mit talentierten Genin aus allen Dörfern, darunter Gaaras Adoptivsohn Shinki, das Genbu-Team aus Iwagakure und die Senka-Drillinge aus Kirigakure. Die Spannung auf die erste Runde ist immens.
Während Gaara gegen Urashiki kämpft, startet der zweite Teil der Chunin-Prüfung. Sarada und Mitsuki gehen in die Offensive, während Boruto die eigene Flagge verteidigt. Er gerät jedoch schnell in Schwierigkeiten. Wird das Team gewinnen?.
Während der Chunin-Auswahlprüfung gewinnen Boruto, Shikadai und Sarada ihre Eins-gegen-Eins-Kämpfe mit ihren charakteristischen Stilen. Chocho hingegen muss sich der Herausforderung stellen, gegen den starken Shinki anzutreten.
Im Kampf gegen Shinki möchte Chocho ihre Stärke zeigen, obwohl ihr Gegner ruhig und bedrohlich wirkt. Anschließend treten Boruto und Shikadai gegeneinander an, zwei Freunde, die sich bestens kennen und keine Überraschungen erwarten.
Sarada und Mitsuki stehen im Turnier Sunagakure gegenüber. Sarada kämpft mit Shuriken und Sharingan gegen Araya, während Mitsuki ein spannendes Duell mit Shinki hat. Team 7 muss sich gegen Gaaras Schützlinge beweisen.
Während des Finales der Chunin-Auswahlprüfung kämpfen Boruto, Sarada und Shinki erbittert, wobei Boruto schließlich eine verbotene Ninja-Armschiene benutzt, um zu gewinnen. Doch sein Sieg hat Konsequenzen, und unerwartete Gäste erscheinen.
Momoshiki stürmt die Arena und zielt auf Naruto. Boruto will helfen, doch sein Ninja-Werkzeug ist nutzlos. Sasuke kämpft gegen Kinshiki, der Sarada bedroht. Naruto bittet Sasuke, die Kinder zu schützen, während er Momoshiki stoppt.
Naruto opfert sich, um den Ootsutsuki-Clan abzuwehren, während Boruto die Liebe seines Vaters zum Dorf erkennt und seine eigene Schwäche begreift. Sasuke plant Narutos Rettung und sieht in Boruto einen gereiften Mitstreiter für die Mission.
Der Ootsutsuki-Clan hält Naruto gefangen, um sein Chakra zu extrahieren. Doch Naruto widersteht und in Konoha formieren sich die Kage mit Sasuke und Boruto zur Rettung. Trotz Narutos Abwesenheit sind Boruto und er sich näher denn je.
Momoshiki absorbiert Kinshiki und wird zu einem nahezu unbesiegbaren Monster, das von Naruto, Sasuke und den Kage bekämpft wird. Trotz Rückschlägen überträgt Naruto seine Energie auf Boruto, der Momoshiki mit einem Rasengan besiegt.
Nach dem Kampf gegen den Ootsutsuki-Clan kehrt Frieden in Konoha ein. Boruto muss jedoch eine wichtige Entscheidung treffen und sich bei allen für sein Verhalten während der Chunin-Auswahlprüfung entschuldigen.
Team 7 und Team 10 erhalten den Auftrag, als Bodyguards für die Schauspieler Tomaru und Ashina zu fungieren. Chocho, die in Tomaru verliebt ist, setzt alles daran, seine Aufmerksamkeit zu erlangen, selbst wenn sie Täuschung anwenden muss.
Ein mysteriöser Ninja greift ein Filmstudio an, und die Hauptdarstellerin wird verletzt. Chocho wird als Ersatz ausgewählt und bereitet sich auf ihre Kussszene vor, während ihre Teamkolleg:innen besorgt sind, dass sie ihre Mission vergisst.
Trotz einer Beleidigung von Tomaru bleibt Chocho hartnäckig und tarnt sich, um ihm zu imponieren. Ein Ninja entführt Tomaru und verlangt Lösegeld. Chocho ist verzweifelt und beschuldigt ihre Kolleg:innen. Wird sie Tomaru wiedersehen?.
Rock Lee will seinem Sohn Metal das ultimative Taijutsu, die Acht Inneren Tore, beibringen. Metal ist nervös, aber Sensei Guy hilft ihm mit seiner motivierenden Art und der Kraft der Jugend.
Der Kampf gegen den Otsutsuki-Clan ist zwar vorbei, doch die Auswirkungen sind noch spürbar. Konohagakure organisiert ein Kage-Treffen, bei dem der dritte Tsuchikage Oonoki fehlt, und Boruto sowie Team 7 erhalten die Mission, ihn zu suchen.
Nachdem die Chunin, die den Eingang zu Konoha bewachen, angegriffen wurden, verschwindet Mitsuki spurlos, was Boruto und Sarada beunruhigt. Während der Hokage alle Jonin versammelt, zweifelt Boruto nicht an Mitsukis Unschuld.
Boruto und Sarada verlassen heimlich das Dorf, um von Orochimaru Informationen über Mitsukis Verschwinden zu erhalten. Orochimaru offenbart Boruto, dass er Mitsuki kaum kennt. Shikadai und sein Team verfolgen die beiden Ausreißer alarmiert.
Orochimaru erzählt Boruto und Sarada von der Drachen-Höhle, woraufhin sie sich auf den Weg machen, um Mitsuki zu finden. Team Ino-Shika-Cho stellt sich ihnen entgegen, entschlossen, sie zurück ins Dorf zu bringen, was zu einem Kampf führt.
Boruto und seine Freunde erreichen erschöpft die Drachen-Höhle, wo sie von der Wächterin mit Essen versorgt werden. Doch um Hakuja-Sen'nin zu treffen, müssen sie harte Prüfungen bestehen, um Mitsuki zu finden.
In der Drachen-Höhle muss Boruto die Kinnschuppe von Garaga, einer gefährlichen Riesenschlange, erlangen. Garaga setzt seine Gegner unter Druck, bis ein unerwarteter Verbündeter auftaucht. In Konoha wird Mitsukis Verschwinden untersucht.
Boruto und seine Freunde kämpfen strategisch gegen die monströse Schlange Garaga, die plant, sie alle zu verschlingen. Boruto bemerkt etwas und macht Garaga einen interessanten Vorschlag.
Boruto und seine Kamerad:innen erfahren von Hakuja-Sen'nin, dass Mitsuki mit den Attentätern Sekiei und Kokuyo ins Erdreich reist. Sie verfolgen Mitsuki, um herauszufinden, was er mit ihnen vorhat und warum sie dorthin gehen.
Boruto, Sarada und Team Ino-Shika-Cho verfolgen Mitsuki und seine Begleiter. Sie treffen auf Kokuyo, einen hartnäckigen Gegner, der sie abwehren will. Eine kleine Chance bietet sich, Boruto könnte Mitsuki wiedersehen.
Mitsuki zieht mit Sekiei und Kokuyo weiter, während Boruto bewusstlos bleibt. Sekiei erkrankt, und Kokuyo sucht Medizin. Mitsuki erklärt Sekiei die Menschlichkeit. Der vierte Tsuchikage wird von einem mysteriösen Angreifer attackiert.
Boruto ist bewusstlos nach dem Kampf, während Sarada und Shikadai über das weitere Vorgehen beraten. Inojin und Chocho entdecken bei ihrer Erkundung etwas Vertrautes, während sie mögliche Gefahren abwägen.
Boruto und seine Freunde sind in Iwagakure angekommen, um den dritten Tsuchikage Oonoki zu finden, treffen jedoch zunächst auf Akatsuchi. Währenddessen macht sich Konohamaru in Konoha auf die Suche nach seinen verschwundenen Schützlingen.
Boruto verlangt Antworten vom dritten Tsuchikage Oonoki über die jüngsten Ereignisse und Mitsukis Verbleib, doch ein Kampf trennt ihn und seine Kamerad:innen. Währenddessen wird Mitsuki von Kokuyo und Sekiei in deren Versteck geführt.
Boruto und Oonoki müssen die Sanzu-Ebene überwinden, indem sie ihren persönlichen "Stein des Willens" finden, um weiterzukommen. Gleichzeitig trifft Mitsuki auf Meister Kuu, der ihm eine entscheidende Frage stellt.
Boruto und Sekki, beide Teilnehmer der letzten Chunin-Auswahlprüfungen, suchen verzweifelt nach ihrem Stein des Willens, um der Sanzu-Ebene zu entkommen. Oonoki bietet seine Hilfe an, doch ist Boruto dieser Herausforderung gewachsen?.
Boruto hat seinen Stein des Willens gefunden und widmet sich seiner Mission. Oonoki bringt ihn an einen besonderen Ort, um seine Zukunftsvision zu erklären, die in seiner Vergangenheit begründet ist. Boruto reagiert ungeduldig.
Oonoki sieht Mitsuki als perfekten künstlichen Menschen für seine Experimente. Boruto ist hin- und hergerissen, da er Mitsukis eigenen Willen erkennt und seinen Freund beschützen möchte. Kuu drängt auf die Umsetzung seines Plans.
Zurück in Iwagakure werden Oonoki und die Konoha-Ninja festgesetzt, da Kuu das Dorf übernommen hat. Oonoki ist entsetzt über Kuus Verrat. Shikadai kämpft mit seinem Team gegen Kokuyo, während Boruto und Sarada gegen Kirara antreten.
Boruto und seine Freund:innen kämpfen gegen Kuu, der seinen Plan vorantreibt, das erste Herz zu erhalten. Oonoki erkennt seinen Fehler und will handeln. Mitsuki ist bereits mit dem künstlichen Herz auf dem Weg zu Kuu.
Mitsuki hat Kuu verraten und schwer verletzt, woraufhin Kuu sich zurückzieht und Rache schwört. Währenddessen kämpfen Boruto und Sarada erneut gegen Kirara, diesmal mit Unterstützung eines alten Bekannten.
Kuu, der sich durch ein gestohlenes Herz regeneriert hat, greift Mitsuki, Boruto und Sarada an. Die Situation scheint hoffnungslos, bis Oonoki, der sich selbst die Schuld gibt, eingreift und sich Kuu in einem entscheidenden Kampf stellt.
Die Katastrophe in Iwagakure wurde verhindert. Boruto und Team 7 kehren nach Konohagakure zurück und müssen sich den Konsequenzen ihrer Taten stellen. Mitsuki will erneut das Dorf verlassen, Boruto versucht Team 7 zu vereinen.
Beim Eltern-Kind-Tag in Konoha will Naruto, trotz Müdigkeit, ein besonderes Spielzeug für Himawari besorgen. Die Nachfrage ist hoch, doch mit Unterstützung von Kiba und seinen Hunden durchkämmt er die Stadt.
Bei den Akimichis gibt es Spannungen, da Karui ihren Mann Choji als faul und verfressen betrachtet. Um ihr zu imponieren und sich an seine Stärken zu erinnern, entscheidet sich Choji, an einem Fresswettbewerb teilzunehmen.
Sasuke ist wieder in Konoha und Boruto erzählt ihm vom Eltern-Kind-Tag. Er schlägt vor, dass Sasuke Zeit mit Sarada verbringt. Sasuke versucht, ein guter Vater zu sein und Saradas Herz zu erobern.
Namida aus Team 15 hat die Fähigkeit, Gegner mit ihrem Heulen außer Gefecht zu setzen, kann es jedoch nicht kontrollieren und trifft oft auch ihre Kamerad:innen. Um das Risiko zu minimieren, lernt sie ein neues Jutsu und trainiert intensiv.
Der Älteste des Nara-Clans verlangt von Shikadai, seine Ninja-Karriere zu beenden und Politiker zu werden, um das Ansehen des Clans zu verbessern. Seine Freunde sind schockiert und enttäuscht über diesen plötzlichen Sinneswandel.
Ein abgelegenes Dorf im Feuerreich wird von aggressiven Vögeln heimgesucht. Team 7 und Team 15, zusammen mit dem Vogelkundler Tosaka, sollen das Rätsel lösen. Die Lage verschärft sich, als ein mächtiger Gegner auftaucht.
Boruto und sein Team haben die mögliche Ursache für den Amoklauf der Vögel entdeckt. Sie stehen jedoch vor der Herausforderung, gegen Jugo zu kämpfen, der sich im gefährlichen Fluchmal-Modus befindet.
Jugo und Borutos Team machen sich auf die Jagd nach Wildgänsen, um sie von ihren Fluchmalen zu befreien. Um die Ausbreitung des Fluchmals über die Reichsgrenze zu verhindern, müssen sie schnell handeln und alle infizierten Lebewesen finden.
Boruto und sein Team treffen auf Karin und Suigetsu, während sie nach Jugo suchen, den sie zurücklassen mussten. Gemeinsam schmieden sie einen Plan, um Jugo und Tosaka zu befreien, doch nicht alles verläuft wie geplant.
Boruto und Suigetsu werden von Tosaka angegriffen, der von Anfang an hinter Jugos Fluchmal her war. Sarada und Karin kämpfen gemeinsam gegen Sasami, während Sumire, Wasabi und Namida gegen Momo antreten und ihr Chakra teilen.