Anders zu sein, macht manchmal den Unterschied - das weiß auch Shaun Murphy. Der junge Chirurg ist Autist und durch eine sogenannte Inselbegabung ein wahres Genie.
Zusammen mit Jared leitet Shaun eine mobile Klinik, um mittellose Patienten zu behandeln. Als er dem mittellosen Harry eine Diagnose stellt, kann er endlich seine Kommunikationsfähigkeit unter Beweis stellen.
Dr. Lim untersucht Mara, die wegen einer Genitalverstümmelung die Notaufnahme aufgesucht hat. Obwohl Mara einen gefälschten Ausweis bei sich trägt, besteht Dr. Lim darauf, dass die Operation durchgeführt wird.
Shaun und Morgan leiten die Notaufname in einer 36-Stunden-Schicht. Dr. Melendez führt eine Operation durch, um die Fruchtbarkeit einer Frau wiederherzustellen, doch die auf mehrere Stunden angesetzte Operation dauert deutlich länger.
Ein Junge mit Fragilem-X-Syndrom verletzt sich mithilfe einer gesplitterten Latte selbst. In einer Operation soll der Junge behandelt werden. Währenddessen behandeln Dr. Lim, Claire und Morgan die Freikletterin Kitty.
Dr. Lim, Shaun und Park führen eine Zystoskopie bei einem Mann mit auffälligem Urin durch. Die magersüchtige Louisa braucht dringend eine Herz-OP. Doch aufgrund ihres Untergewichts ist die OP zu riskant.
Ein Mädchen wird in die Notaufnahme eingeliefert, dessen Eltern sich ständig streiten und dessen Symptome daher als psychosomatisch abgetan werden. Claire findet schließlich die Ursache für die kuriosen Beschwerden des Mädchens.
Shaun versucht, zwischen Brüdern zu vermitteln, von denen der eine mit nur einer Niere geboren wurde, die aufgrund einer Verletzung entnommen werden muss. Der andere Bruder könnte eine Niere spenden, will jedoch dafür eine Gegenleistung.
Shauns Glauben an das Gute im Menschen scheint wieder einmal erschüttert zu werden, als er eine Patientin behandelt, die allem Anschein nach durch einen Seitensprung schwanger wurde. Morgan und Park bekommen es mit Impfgegnern zu tun.
Claire und Morgan behandeln einen jungen Mann mit pädophilen Neigungen, der sich selbst die Hoden entfernen wollte, um die Welt vor sich zu schützen. Shaun und Park behandeln einen jungen Straftäter, der im Gefängnis misshandelt wurde.
Am Tag vor Weihnachten bricht der Ausnahmezustand in der Notaufnahme aus: Zwei Patienten aus einem Flugzeug aus Malaysia werden mit einem rätselhaften Virus eingeliefert, der beide auch kurz nacheinander dahinrafft.
Die Ereignisse in der unter Quarantäne stehenden Notaufnahme überstürzen sich weiter. Park bricht in die Quarantäne ein, um seinem asthmakranken Sohn zu helfen. Shaun kümmert sich um die hochschwangere Viola, deren Fruchtblase geplatzt ist.
Andrews droht Ärger vom Gesundheitsamt, weil Lim und Melendez während der Quarantäne gegen Regeln verstoßen haben, und weil Shaun einen Zusammenbruch hatte. Lim und Melendez beschließen daher, ihr Verhältnis vorerst geheim zu halten.
Shaun, Morgan und Dr. Lim behandeln Lana, eine Patientin mit Autismus. Dank Lanas Mitbewohner gelingt es Shaun und dem Team, näher an Lana ranzukommen. Dr. Melendez und sein Team haben währenddessen mit einer Herzpatientin zu tun.
Andrews hat eine 16-jährige Patientin, die nach einem schweren Unfall ein entstelltes Gesicht hat. Gleichzeitig wird eine 14-Jährige für hirntot erklärt. Sämtliche Marker der beiden Mädchen sprechen für eine Gesichtstransplantation.
Lim, Claire und Shaun haben eine neugeborene Patientin mit gleich zwei Geburtsfehlern: am Darm und am Herzen. Dr. Han übernimmt den komplizierten Fall und gerät gleich mit Shaun aneinander, der den Eltern eine unbequeme Wahrheit gesagt hat.
Lim und Park untersuchen eine junge Frau, die alle Symptome eines Meningeoms zeigt. Shaun bekommt an seinem ersten Tag in der Pathologie diesen Fall und entdeckt sogleich Auffälligkeiten. Er stellt die Krebs-Diagnose infrage.
Melendez und sein Team haben es mit einem Patienten zu tun, der einen 100 Pfund schweren Tumor mit sich herumschleppt. Die Entfernung des Tumors gestaltet sich schwieriger als gedacht. Dank Shaun kann der Tumor entfernt werden.
Nach einer Schlägerei wird Shaun selbst zum Patienten. Shauns Kontrahent Zack wird ebenfalls eingeliefert. Shaun findet heraus, was Zack fehlt, wird aber bewusstlos und kann Zack nur noch andeuten, dass er eine andere Behandlung braucht.
