Anders zu sein, macht manchmal den Unterschied - das weiß auch Shaun Murphy. Der junge Chirurg ist Autist und durch eine sogenannte Inselbegabung ein wahres Genie.
Lea und Shaun kehren aus Guatemala zurück. Die bevorstehende Verlobungsparty der beiden scheint die Gemüter aller Beteiligten aufzuhellen. Allerdings machen die Hochzeitsvorbereitungen der zukünftigen Braut ganz schön zu schaffen.
Shaun und das Team müssen das ungeborene Kind einer schwangeren Patientin retten. Die Frau verbüßt zurzeit eine Haftstrafe. Dem medizinischen Personal machen organisatorische Veränderungen im Krankenhaus zu schaffen.
Shaun konfroniert Salen mit den vielen negativen Veränderungen im Krankenhaus, die es seit dessen Ankunft im St. Bonaventure gegeben hat. Unterdessen sieht sich Glassman gezwungen, seine neue Rolle im Krankenhaus zu akzeptieren.
Das Team kümmert sich um ein Mädchen und Shaun ist davon überzeugt, dass eine Operation nötig ist. Der Vater der Patientin hat jedoch im Internet eigene Nachforschungen angestellt und ganz andere Ideen für die Behandlung seiner Tochter.
Dr. Park und Shaun kümmern sich um einen alten Mann mit Gesichtsverletzungen, der von seiner Tochter ins Krankenhaus gebracht wurde. Es stellt sich heraus, dass der Patient Opfer eines rassistischen Angriffs geworden ist.
Shaun muss sich zusammen mit Dr. Park mit einer Entscheidung über Leben und Tod auseinandersetzen: Ziehen sie einen Patientien dem anderen vor? Morgan will es Salen unbedingt recht machen - und geht dabei etwas zu weit.
Lea und Shaun besichtigen eine Kirche, in der ihre Trauung stattfinden könnte. Auf dem Rückweg kommen sie an einem Unfallstelle mit mehreren Autos vorbei. Shaun will einer verletzten Frau helfen, die schwanger ist.
Nachdem Shaun die Hochzeit abgesagt hat, ist er gezwungen, Lea wegen ihrer Beziehung zur Rede zu stellen und herauszufinden, was er ihr wirklich bedeutet. Lim hofft, aufdecken zu können, dass Salen den Tod eines Kleinkindes vertuscht hat.
Andrews übernimmt einen hochkarätigen Fall und beauftragt Shaun und Allen mit der Durchführung einer riskanten Operation, um die Stimme eines berühmten Popstars zu retten. Lim erhält ein Angebot von einem anderen Krankenhaus.
Salen greift zu extremen Maßnahmen, als sie erfährt, dass das chirurgische Personal sich Lims Kampf gegen sie angeschlossen hat. In der Zwischenzeit behandelt das Team einen Patienten, der durch eine Lebertransplantation Krebs bekommen hat.
Die Klinik steht kurz vor der Schließung. Als die Familie Liu nach einem Autounfall eingeliefert wird, müssen Lim, Andrews und Glassman an einem Strang ziehen, obwohl sie gerade nicht gut aufeinander zu sprechen sind.
Lim und Park kümmern sich um eine Frau, die mit Valley-Fieber eingeliefert wurde. Sie finden heraus, dass diese Patientin ein Geheimnis vor ihrem Verlobten verbirgt. Shaun hilft einer 45-jährigen Jungfrau bei einer schwierigen Entscheidung.
Ein junger "Biohacker" bereitet Lim und Murphy Sorgen. Morgan, Jordan, Glassman und Park diskutieren den Fall einer Frau, die ihre chronischen Schmerzen und Depressionen mithilfe einer umstrittenen Operation bekämpfen will.
Nach einem Potluck verhält sich fast das ganze Personal seltsam. Lim halluziniert und Andrew glaubt, er wäre Spider-Man. Es stellt sich heraus, dass Asher und Jerome ihren Süßkartoffelauflauf mit magischen Pilzen gewürzt haben.
Das Team wird von einer Patientin mit einer eisernen Lunge überrascht. Shaun verlässt sich bei der Reparatur des metallenen Körperteils auf Leas Erfahrungen als Karosseriemechanikerin. Andrews kümmert sich unterdessen um ein Pflegekind.
Eine Dokumentarfilmerin, die im Krankenhaus auf Shaun aufmerksam geworden war, will nun eine Dokumentation über ihn und Lea drehen. Dabei geht es ihr nicht um den Klinikalltag, sondern um Beziehungen atypischer Paare.
Sophie hat eine Überraschung für Lea. Die beiden verbringen einen ganzen Tag mit Hochzeitsplanungen, wobei es nicht luxuriös genug sein kann. Unterdessen unterläuft Krankenschwester Villanueva wieder eine fatale Nachlässigkeit.
Als Shaun und Lea eine Entscheidung bezüglich ihres zukünftigen Lebens treffen, ernten sie seitens ihrer Kollegen viel Unterstützung. Dr. Wolke ist eher unangenehm überrascht, als er von seinen Eltern mit einer Offenbarung überrollt wird.
